Na primeira consulta o terapeuta de Reiki recolhe algumas informações sobre os problemas que afetam o paciente, explica como se vai processar a terapia e preenche uma ficha de anamnese onde constam essas informações assim como o plano de tratamento que irá ser aplicado e os seus custos. Quer o paciente quer o terapeuta assinam a ficha de cliente denominada Ficha de Anamnese e que inclui o termo de responsabilidade. O tratamento é tradicionalmente efetuado por imposição das mãos a cerca de 5-20 cm do corpo do paciente em várias posições ao longo dos chakras. Em algumas posições, em particular na posição mental, o terapeuta terá que tocar na cabeça do paciente.

O terapeuta de Reiki solicita ao paciente que retire os objetos e acessórios de metal e que tire os sapatos.Note-se que não é necessário retirar a roupa. O terapeuta pede que o paciente se deite, feche os olhos, relaxe e se concentre na sua respiração de forma a abandonar os pensamentos e preocupações, ao mesmo tempo que ouve uma melodia suave.Caso o paciente tenha frio poderá ser aquecido com uma manta.

O terapeuta actua como um canal para a energia Reiki, a energia flui da palma de suas mãos (chakra das mãos) para o corpo subtil e físico do paciente. Normalmente, o terapeuta aplica as posições do reiki que utilizam um esquema semelhante à posição dos meridianos e chakras da Acupuntura e Shiatsu.

Alguns pacientes relatam sentir várias sensações subjetivas e objetivas: calor, frio, pressão, sonolência, vibrações, etc. Os praticantes de Reiki atribuem estas sensações à energia Reiki chegando ao corpo e à aura de quem a recebe. Outros pacientes nada sentem, outros relatam sentir muito pouca ou nenhuma alteração, mas é comum para a maioria a sensação de relaxamento, sono, mais tranquilidade, melhor repouso e apresentem uma dinâmica mais assertiva perante os problemas.

É normal no início do tratamento o paciente sentir a reacção de limpeza que consiste num agravamento temporário do estado negativo do paciente,normalmente nos casos de desequilíbrios agudos, mas que cessa logo que o bloqueio seja totalmente retirado. Durante essa chamada desintoxicação energética ou crise curativa que pode ser de apenas alguns dias ou pode mesmo atingir meses, é comum a desistência de pacientes que não estejam preparados para se libertarem completamente dos problemas energéticos. Depois de passada essa fase, o paciente pode experimentar uma melhoria significativa ou mesmo o desaparecimento do bloqueio.

Por conseguinte, é importante que o paciente compreenda a importância de fazer pelo menos 4 sessões de terapia Reiki num curto espaço de tempo, de forma a que esse processo de desbloqueio se processe efetivamente.

Nota: O pack de Reiki inclui avaliação do estado energético dos Chakras através de radiestesia pendular.

O Reiki repara necessidades energéticas: desbloqueia nós dos canais energéticos, traz mais energia onde o fluxo era menor ou redistribui energia retida em algum local para o restante do corpo.

O tratamento Reiki vai à origem/causa dos problemas que existam no campo físico, mental/emocional e espiritual do paciente.

Caso seja necessário e o paciente permita, poder-se-á associar à sessão REIKI a terapia com cristais específicos para cada chakra o que irá potencializar os efeitos do REIKI e a rapidez com que o mesmo flui.  

Contudo, o paciente deve ter como compromisso re-avaliar a conduta que tem tido para com a sua própria saúde e estar disponível para fazer mudanças positivas de forma a que não comprometa negativamente os efeitos quer da  terapia Reiki, quer de qualquer outra terapia a que esteja a ser eventualmente submetido.