Na primeira consulta o terapeuta de Reiki recolhe algumas informações sobre os problemas que afetam o paciente, explica como se vai processar a terapia e preenche uma ficha de anamnese onde constam essas informações assim como o plano de tratamento que irá ser aplicado e os seus custos. Quer o paciente quer o terapeuta assinam a ficha de cliente denominada Ficha de Anamnese e que inclui o termo de responsabilidade. O tratamento é tradicionalmente efetuado por imposição das mãos a cerca de 5-20 cm do corpo do paciente em várias posições ao longo dos chakras. Em algumas posições, em particular na posição mental, o terapeuta terá que tocar na cabeça do paciente.

O terapeuta de Reiki solicita ao paciente que retire os objetos e acessórios de metal e que tire os sapatos.Note-se que não é necessário retirar a roupa. O terapeuta pede que o paciente se deite, feche os olhos, relaxe e se concentre na sua respiração de forma a abandonar os pensamentos e preocupações, ao mesmo tempo que ouve uma melodia suave.Caso o paciente tenha frio poderá ser aquecido com uma manta.

O terapeuta actua como um canal para a energia Reiki, a energia flui da palma de suas mãos (chakra das mãos) para o corpo subtil e físico do paciente. Normalmente, o terapeuta aplica as posições do reiki que utilizam um esquema semelhante à posição dos meridianos e chakras da Acupuntura e Shiatsu.

Alguns pacientes relatam sentir várias sensações subjetivas e objetivas: calor, frio, pressão, sonolência, vibrações, etc. Os praticantes de Reiki atribuem estas sensações à energia Reiki chegando ao corpo e à aura de quem a recebe. Outros pacientes nada sentem, outros relatam sentir muito pouca ou nenhuma alteração, mas é comum para a maioria a sensação de relaxamento, sono, mais tranquilidade, melhor repouso e apresentem uma dinâmica mais assertiva perante os problemas.